Uważa się, że pierwszym znanym zastosowaniem kryptografii jest użycie specjalnych hieroglifów około 4000 lat temu w starożytnym Egipcie. Elementy kryptografii znaleziono już w inskrypcjach ze Starego i Średniego Królestwa, teksty całkowicie kryptograficzne znane są od czasów XVIII dynastii. Pismo hieroglificzne, wywodzące się z piktografii, obfitowało w ideogramy, a brak wokalizacji umożliwiał tworzenie fonogramów na zasadzie łamigłówek.
Kryptografia Egipcjan nie była wykorzystywana do utrudniania czytania, ale bardziej prawdopodobne, że skrybowie chcieli prześcigać się nawzajem dowcipem i pomysłowością, a także, za pomocą niezwykłości i tajemnicy, zwrócić uwagę na ich teksty. Jednym z ilustrujących przykładów są teksty gloryfikujące szlachcica Chnumhotepa II (XIX wiek pne) znalezione w dobrze zachowanym grobowcu nr BH 3 na terenie Beni Hasan.
Starożytni Egipcjanie używali co najmniej trzech systemów szyfrowania.
W starożytnych tekstach indyjskich spośród 64 sztuk wymieniane są metody zmiany tekstu, niektóre z nich można przypisać metodom kryptograficznym. Autor tabliczki z przepisem na produkcję szkliwa do ceramiki z Mezopotamii posłużył się rzadkimi oznaczeniami, pominął litery, a nazwy zastąpił cyframi, aby ukryć to, co zostało napisane. W przyszłości pojawiają się różne odniesienia do wykorzystania kryptografii, z których większość dotyczy wykorzystania w sprawach wojskowych.
Wraz z pojawieniem się pisma fonetycznego pisanie zostało natychmiast uproszczone. W starożytnym alfabecie semickim w II tysiącleciu pne było tylko około 30 znaków. Oznaczały spółgłoski, a także niektóre samogłoski i sylaby. Uproszczenie pisania spowodowało rozwój kryptografii i szyfrowania.
Przykłady wykorzystania kryptografii można znaleźć w świętych księgach żydowskich, w tym w księdze proroka Jeremiasza (VI wpne), gdzie zastosowano prostą metodę szyfrowania zwaną atbash. Zamiast pierwszej litery alfabetu napisali ostatnią, zamiast drugiej - przedostatnią i tak dalej.
Jednym z najstarszych znanych urządzeń kryptograficznych jest skitala, zwana także „szyfrem starożytnej Sparty”. Skitala (lub scitala z greckiego σκυτάλη, różdżka) to urządzenie służące do szyfrowania permutacyjnego. Skitala składała się z cylindra i wąskiego paska pergaminu owiniętego wokół niego w spiralę, na którym była napisana wiadomość. To urządzenie zostało wynalezione przez Spartan i wiadomo, że było używane w wojnie Sparty z Atenami pod koniec V wieku pne. mi.