Uczestnicy konsorcjum Genome 10K na corocznej konferencji, która właśnie odbywa się w Nowym Jorku, ogłosili rozpoczęcie międzynarodowego projektu „Genomy kręgowców”, którego zadaniem jest zebranie genomów wszystkich 66 tysięcy gatunków kręgowców żyjących obecnie na naszej planecie. Gizmodo mówi więcej o celach i założeniach projektu.
W 2009 roku amerykańscy biolodzy David Haussler, Oliver Ryder i Stephen O'Brien założyli projekt Genome 10K, którego celem było sekwencjonowanie 10 000 genomów kręgowców. Początkowo w projekcie wzięło udział 55 naukowców z dużych ogrodów zoologicznych, ośrodków badawczych i muzeów. Początkowo nie było jasne, ile czasu zajmie zebranie genomów o wystarczającej jakości. Jednak wraz ze spadkiem kosztów i uproszczeniem metod sekwencjonowania stało się jasne, że projekt zakończy swoje zadania za kilka lat. Przez ostatnie trzy lata uczestnicy projektu porównywali główne technologie sekwencjonowania DNA i analizy uzyskanych wyników, aby wybrać tę, która stworzy „genomy platyny”.
Wczoraj członkowie Genome 10K ogłosili rozpoczęcie nowego projektu genomu kręgowców, którego celem jest zebranie genomów męskich i żeńskich 66 000 gatunków kręgowców. W projekcie weźmie udział 150 naukowców reprezentujących 50 organizacji z 12 krajów. Zdaniem jednego z twórców projektu, Olivera Rydera, dzięki temu biolodzy będą mogli zrozumieć przyczyny wymierania gatunków, w tym czy w historii gatunku występowały blisko spokrewnione krzyżówki, „wąskie gardła”, w wyniku których zmniejszyła się różnorodność genetyczna gatunku lub delecje - mutacje, które mogą „wyłączyć »Geny niezbędne do przetrwania organizmu.
Wraz z zapowiedzią nowego projektu naukowcy od razu przedstawili pierwsze wyniki swojej pracy: genomy 15 gatunków kręgowców, w tym endemicznej dla Nowej Zelandii papugi kakapo oraz australijskiego dziobaka. Te i wszystkie inne genomy, które naukowcy planują zebrać, zostaną opublikowane w domenie publicznej, w bazie danych Noah's Ark Genomic.
Uczestnicy planują sekwencjonować krótkie odcinki genomowego DNA i zbierać z nich coraz dłuższe sekwencje aż do całego chromosomu, a następnie „sklejać” je za pomocą algorytmów opracowanych specjalnie na potrzeby projektu.
Wcześniej naukowcy byli w stanie odczytać genom osoby za pomocą kieszonkowego sekwencera wielkości smartfona. Urządzenie ustanowiło rekord najdłuższego odczytu cząsteczki DNA, było w stanie sekwencjonować sekwencje do 882 tysięcy par zasad.
Ekaterina Rusakova