Naukowcy odkryli w genomie świni rodzinę unikalnych krótkich powtórzeń, które mają ewolucyjne podobieństwo do podobnych powtórzeń u naczelnych.
W projekcie we współpracy z Firefly BioWorks Corporation (USA) uczestniczyli naukowcy z Uniwersytetu Jilin (Changchun, Chiny) i Akademii Nauk Rolniczych (Heilongjiang, Chiny).
Po przeanalizowaniu struktury i pochodzenia PRE-1 (świński powtarzający się element, dosłownie - „świński powtarzający się element”), doszli do wniosku, że najbliższymi krewnymi naczelnych na byłym superkontynencie Laurazji mogą być świnie. Wstępny wydruk badawczy został opublikowany na serwerze bioRxiv 31 sierpnia 2015 r.
Badane CDP (krótkie powtórzenie rozproszone) PRE-1 jest zlokalizowane w regionie międzygenowym, około 686 ~ 985 par zasad przed startem genu kodującego białko wiążące czynnik wzrostu insuliny (IGFBP7). Powtarzalną sekwencję PRE-1 o 299 parach zasad porównano z 40 różnymi powtórzeniami Alu naczelnych i stwierdzono znaczące podobieństwa zarówno w samych sekwencjach, jak i we wzorcu rozmieszczenia ich powtórzeń na chromosomach.
Przewidywana drugorzędowa struktura powtórzeń RNA PRE-1 zwinięta w model podobny do powtórzeń Alu. Wreszcie wspólne pochodzenie PRE-1 i Alu z tak zwanego 7SL RNA (RNA rozpoznawania sygnału) sugerowało ich ewolucyjne podobieństwo i przypisywało świnie rodzinie, która obejmuje głównie naczelne.
Wcześniej, aby zbudować drzewa filogenetyczne, naukowcy opierali się wyłącznie na podobieństwach i różnicach genów, ignorując fakt, że podczas ewolucji cały genom ulegał zmianom, w tym te jego elementów, które nie kodują białek ani RNA, a których znaczenie jest nadal dla naukowców w dużej mierze niejasne.
Film promocyjny:
Niniejsze badanie, oparte na zintegrowanym podejściu do analizy elementów międzygenowych, dostarcza, zdaniem autorów, „bardzo przekonujących” faktów, z których można wyciągnąć wnioski ewolucyjne. W szczególności, zgodnie z tymi wynikami, szacowany czas dywergencji gatunków przesuwa się z 65 do 80-100 milionów lat temu.