Lost Cities in the Amazon od dawna były frazesem w wątpliwej fikcji; poważni naukowcy postrzegali selvę jako środowisko, w którym mogą istnieć tylko prymitywne kultury ludzkie. Badania antropologiczne do tej pory potwierdziły ten punkt widzenia: Amazonka to miejsce, w którym żyją plemiona indiańskie, położone na poziomie epoki kamienia łupanego
Jednak dane archeologiczne są sprzeczne z danymi antropologicznymi: naukowiec z University of Florida (USA) Augusto Oyuela-Caicedo prowadzi wykopaliska w północno-wschodnim Peru, w dżungli w pobliżu miasta Iquitos. Jego odkrycia potwierdzają rozpowszechnioną ostatnio w kręgach naukowych teorię, że przed przybyciem Europejczyków do Amazonii istniała rozwinięta kultura licząca do 20 milionów ludzi (znacznie więcej niż obecni mieszkańcy Amazonii).
Znaleziska w indyjskich kopcach - ceramika i ziemia, głównie tzw. Terra preta („czarna ziemia”), która jest mieszaniną miejscowej gleby z odpadami ludzkimi, węglem drzewnym i popiołem. Ślady wymarłej kultury znajdują się wszędzie w Amazonii: warstwy terra preta znalezione przez brazylijskiego archeologa Eduardo Nevesa z Uniwersytetu w São Paulo i jego amerykańskich kolegów w pobliżu Manaus. Indianie zwiększyli produktywność dżungli nie tylko przez użyźnianie gleby: wszędzie są obszary dżungli z nienormalną liczbą drzew, na których rosną jadalne owoce. Według zwolenników istnienia zaawansowanych cywilizacji w dorzeczu Amazonki w epoce przedkolumbijskiej są to pozostałości sadów. Znaleziska archeologiczne w Boliwii i Brazylii (w pobliżu rzeki Xingu) wskazują:już pod koniec pierwszego tysiąclecia naszej ery mieszkańcy Amazonii mogli przemieszczać tony ziemi, budować kanały i tamy zmieniające koryto rzek.
Zmiana poglądów naukowców na starożytne kultury dorzecza Amazonki rozpoczęła się od badań Anny Roosevelt z University of Illinois w Chicago w latach 80. XX wieku: na największej na świecie słodkowodnej wyspie Marajo u ujścia Amazonki znaleziono fundamenty domów, wysokiej jakości ceramikę i ślady rozwiniętego rolnictwa.
Badacze, którzy w przeszłości zaprzeczają istnieniu zaawansowanych kultur w Amazonii (na przykład Betty Meggers z Smithsonian Institution), uważają teoretyków za oportunistów, którzy chcą stać się sławni, sprzeciwiając się klasycznym poglądom. Twierdzą: jeśli w dorzeczu Amazonki istniały bardziej zaawansowane kultury autochtoniczne niż obecnie, to nie różniły się one zbytnio od obecnych - ani stopniem rozwoju, ani populacją.
W odpowiedzi zwolennicy rozwiniętej Amazonii cytują hiszpańskiego mnicha dominikańskiego i kronikarza Gaspara de Carbajala, który w 1541 roku żeglując po rzece Napo pisał o „błyszczących białych miastach”, „bardzo urodzajnej ziemi”, „pięknych drogach” i kajakach zdolnych pomieścić dziesiątki żołnierzy. … Naukowcy twierdzą, że zaawansowana cywilizacja zginęła z powodu chorób sprowadzonych przez Europejczyków, a miasta zbudowane z drewna i stosunkowo zwartych pól zostały bardzo szybko i prawie całkowicie pochłonięte przez dżunglę. (Należy tutaj pamiętać, że różne kultury mają różne zdolności do pozostawiania śladów dla archeologów - w zależności od użytych materiałów. Gdyby nie kilka cudownie zachowanych notatek na temat łatwo rozkładającej się kory brzozowej, większość starożytnych Nowogródów uznano by za analfabetów.)
I jeszcze jeden zarzut wobec tych, którzy uważają Amazonię za ojczyznę wysoko rozwiniętych kultur: swoimi wypowiedziami o zdolności regionu do wyżywienia milionów ludzi bez szkody dla środowiska, pomagają korporacjom lobbować na rzecz aktywnego rozwoju regionu. Eduardo Neves odpowiada w ten sposób: „Humanizujemy historię Amazonii”.